Yu-Gi-Oh! GX cuenta la historia de J?dai Y?ki, un chico normal que ingresa en la Academia de Duelos fundada por Seto Kaiba. Una vez allí conoce a Syrus Truesdale y a Chumley Huffington, quienes a partir de entonces se convierten en sus amigos inseparables. Para poder ganar el derecho de estar en la academia, J?dai, como había llegado tarde había tenido que enfrentarse con Vellian Crowler su maestro. J?dai tiene que enfrentarse a numerosos oponentes con ayuda de sus amigos para poder salvar al mundo de la destrucción.
